Kurikulum Pesantren Modern Misbahul Ulum dirancang khusus sejalan dengan perkembangan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi.
Kurikulum Pesantren Modern Misbahul Ulum berpedoman kepada SKB 3 Menteri.
Pembelajaran Kitab Kuning dibawah asuhan Guru Pesantren Salafi Sidogiri Jawa Timur menggunakan Metode Al-Miftah Lil Ulum.
Pembelajaran Bahasa Arab dan Bahasa Inggris dibawah asuhan Majelis Guru Pesantren Modern Misbahul Ulum dan Guru dari Pondok Modern Darussalam Gontor Jawa Timur.
Program Tahfidz Al-Qur'an dibawah asuhan Guru Hafidz lulusan Pesantren Raudah Tahfidz Al-Qur'an Malaysia, Darul Abrar Sulawesi, Guru Pesantren Modern Misbahul Ulum, dan dari Provinsi di Sumatera.
Seluruh Santri/ah akan mendapatkan Ijazah Pesantren dan Ijazah Negara tingkat MTs maupun tingkat MA.
Program Pendidikan 6 Tahun, 3 Tahun MTs dan 3 Tahun MA.
Program Takhsis diutamakan lulusan MTs/SMP dengan 1 Tahun belajar Agama, Bahasa Arab, dan Bahasa Inggris +3 Tahun MA (4 Tahun).
Bahasa resmi pesantren yang digunakan hanya Bahasa Arab dan Bahasa Inggris, bagi santri baru penggunaan Bahasa Indonesia hanya diizinkan 6 bulan pertama.
Khusus pengkaderan tenaga pendidik, Pesantren Modern Misbahul Ulum mempersiapkan Santri/ah untuk melanjutkan pendidikan ke berbagai Perguruan Tinggi Luar Negeri yang dipandu langsung oleh Alumni Misbahul Ulum yang berada di Luar Negeri.